Ma’had Al-Jami’ah UIN Salatiga didirikan pada 1 September 2005, di bawah naungan Yayasan Kerjasama Alumni, Orang Tua Mahasiswa (YAKAOMI) UIN Salatiga. Pendirian Ma’had ini dilatarbelakangi oleh ide dasar, yaitu:
Pertama, untuk menggabungkan dimensi positif perguruan tinggi dan pesantren, di mana keduanya harus dicapai bersama-sama untuk mewujudkan generasi yang mempunyai penguasaan ilmu pengetahuan dan teknologi serta memiliki kepribadian dan moralitas yang baik.
Kedua, pada tataran keilmuan menjadi sangat penting untuk dapat meletakkan nilai tauhid ke dalam wilayah keilmuan yang dikaji mahasiswa sehingga ilmu pengetahuan dan teknologi yang dipelajari dapat memberikan pengetahuan akan pentingnya nilai-nilai metafisik dan spiritual dari ajaran agama.
Ketiga, dalam wilayah sosial masyarakat saat ini semakin nyata terlihat adanya fenomena elitis kelompok terpelajar yang pintar ketika di sekolah tetapi terisolir oleh ilmu yang dimiliki di tengah-tengah masyarakatnya sehingga mahasiswa menjadi kehilangan kepekaan terhadap lingkungan sosialnya. Realitas ini memberikan dampak semakin jauhnya jarak antara perguruan tinggi bersama dengan mahasiswanya di tengah kebutuhan dan masalah-masalah riil di masyarakat. Perguruan tinggi pada posisi demikian bagaikan di atas menara gading yang asing dari realita masyarakat dan budayanya. Perguruan tinggi idealnya dapat menyatu dengan masyarakat untuk memperkuat pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi serta seni.
Keempat, tidak dapat disangkal bahwa produk pendidikan saat ini ditambah dengan budaya pragmatis yang berkembang di masyarakat Indonesia menjadikan mahasiswa bergerak di ruang yang sangat sempit. Ruang superfisial akan tetapi telah menjadi arus utama dari budaya yang berkembang berupa trend, popularitas, dan material di tengah masyarakat yang terus berubah. Fenomena empirik masyarakat dan mahasiswa tersebut dipandang penting untuk menyelenggarakan pendidikan yang berusaha mengoptimalkan potensi fitrah manusia secara holistik sehingga akan terwujud generasi dengan karakter utuh, sehat secara jasmani, cerdas dalam fikiran, terampil dalam bekerja, dan selalu dilandasi oleh nilai-nilai ajaran Islam.
Ma’had Al-Jami’ah UIN Salatiga sebagai wadah pengembangan tersebut mengharapkan akan terwujudnya mahasantri yang akan mampu berperan secara optimal di masyarakat sesuai dengan keahlian dan bidang ilmunya masing-masing yang saleh secara sosial dan saleh secara ritual.